Главой государства является президент. Азербайджан — президентская республика. Президент избирается всенародным голосованием на 5 лет и назначает всех правительственных чиновников.

Высший законодательный орган Азербайджана — однопалатное Национальное Собрание (Милли Меджлис — азерб. Milli Məclis) (125 депутатов), избираемое всенародным голосованием на пять лет по одномандатным округам.

Первые парламентские выборы в истории независимого Азербайджана состоялись в 1995. Нынешний состав парламента избран в ноябре 2005. Большинство депутатов представляют пропрезидентскую партию «Новый Азербайджан». Оппозиционные партии представлены в парламенте, но их массовые акции — демонстрации и митинги — как правило, подавляются властями.

В середине октября 2005 президент Азербайджана Ильхам Алиев отправил в отставку ряд влиятельных министров, входивших в правительство ещё при его отце, покойном президенте Гейдаре Алиеве, способствовавших победе Ильхама Алиева на президентских выборах 2003 года, но рассчитывавших управлять страной и после смерти Гейдара Алиева. Некоторым из них предъявлены обвинения в подготовке государственного переворота.

Уволены и арестованы:

министр экономического развития Фархад Алиев — один из наиболее влиятельных и богатых людей Азербайджана, считавшийся финансовым спонсором правящей элиты государства. Фархаду Алиеву предъявлены обвинения в присвоении и растрате, злоупотреблении служебным положением, подготовке к беспорядкам и захвату власти насильственным путём.
министр здравоохранения Али Инсанов,
управляющий делами администрации президента Акиф Мурадвердиев.
Также арестованы:

бывший министр финансов Азербайджана Фикрет Юсифов,
брат Фархада Алиева Рафик Алиев, глава крупнейшей в Закавказье частной нефтяной компании Azpetrol,
президент госконцерна «Азерхимия» Фикрет Садыхов, депутат парламента от правящей партии «Ени Азербайджан», «хозяин» Сумгаита.
Дела против предполагаемых участников заговора находятся на контроле Министерства национальной безопасности Азербайджана, которое осенью 2004 возглавил человек Ильхама Алиева — Эльдар Махмудов.

Полагают, что заговорщики, недовольные ослаблением своего влияния и попытками президента отстранить их от власти, были намерены накануне парламентских выборов (6 ноября 2005 года) поддержать оппозицию и сделать ставку на Расула Гулиева, бывшего председателя парламента и одного из лидеров оппозиции, руководителя Демократической партии Азербайджана. 17 октября 2005 года он должен был чартерным рейсом прибыть в Баку из эмиграции в США и возглавить предвыборную кампанию своей Демократической партии. Однако его самолёту не было разрешено совершить посадку в Баку, и он вынужден был сесть в Симферополе, где был задержан украинскими властями по линии Интерпола.

2 августа 2006 был вынесен приговор по делу Фикрета Юсифова. Обвинявшийся ранее в попытке государственного переворота, Юсифов получил всего лишь полтора года по ст. 228.1 УК Азербайджана («Незаконное приобретение и хранение оружия») благодаря своему деятельному сотрудничеству со следствием. Юсифов был арестован в Баку в ночь на 16 октября 2005, сразу начал давать показания, что позволило в течение нескольких часов арестовать ещё 26 видных представителей оппозиции. Фикрет Юсифов также сообщил следствию, что Фархад Алиев и Али Инсанов выступали главными спонсорами заговора и передали ему 305 тыс. долларов на организацию мятежа. 18 июля генеральная прокуратура отделила дело Юсифова от дел других заговорщиков, а затем все серьёзные обвинения были сняты. Следствие по остальным делам продолжается.

С самого начала независимости азербайджанские власти продолжают ведущуюся с советских времён политику армянофобии.